1990年から1996年まで『週刊少年ジャンプ』で連載された。
不良少年桜木花道を主人公したバスケットボール漫画。一目惚れした赤木晴子目当てに入部し、才能を開花させインターハイ制覇を目指す。日本のバスケットボールブームの火付け役となった。作中には数々の名言が登場する。累計発行部数は完全版を含め国内で1億2000万部を記録。第40回平成6年度（1994年）小学館漫画賞少年部門受賞。

1990年から1994年まで『週刊少年ジャンプ』で連載された。
オカルトや格闘要素を織り交ぜながら、主人公の浦飯幽助とその仲間たちの活躍を描く冒険活劇。主人公の浦飯幽助が交通事故死するところから始まり、様々な出来事を経て生き返る。そして、霊界探偵として活動し「桑原」「蔵馬」「飛影」たちとともに敵と戦っていく。
第39回小学館漫画賞受賞。累計発行部数は5000万部。

1990年から1998年まで『別冊少女コミック』で連載された。
文明崩壊後の日本を舞台にした架空戦記という、従来少年漫画の独擅場と思われていたジャンルで、少年漫画を超えるスケールのドラマを少女漫画らしいラブストーリーを絡めて描かれている。
1993年（第38回）小学館漫画賞を受賞。

1990年から199年にかけて『別冊マーガレット』に連載された。
主人公は、何事にも一所懸命の相原琴子。自宅が崩壊したことで父親の親友の家に居候することになる。そこは、彼女が片思いを寄せていた入江直樹の家だった。頭脳明晰にして、イケメンという直樹と同じ屋根の下で暮らしていく中で、琴子と直樹の二人の距離は徐々に近づいていく。

1990年から1993年まで『週刊少年ジャンプ』に連載された。
天下一の傾奇者で身の丈は六尺五寸（197cm）以上ある大柄の武将前田慶次の、自由を貫き通す奔放な生きざまを描いた作品。物語は原作である「一夢庵風流記」に概ね沿っているが、連載が少年誌であるためか若干アレンジされている。

1990年から1996年まで『週刊少年サンデー』に連載された。
主人公の少年「蒼月潮」が妖怪「とら」と共に、妖怪退治の槍「獣の槍」を武器に、大妖怪「白面の者」と戦う姿を描く。「うしお」と「とら」の出会い、「獣の槍」と「白面の者」との戦いが、物語が進むにつれて、それぞれの深い関わり、長きに渡る宿命が明らかになっていく。
第37回（平成3年度）小学館漫画賞受賞。1997年星雲賞コミック部門賞受賞。

1991年から1994年まで『りぼん』に掲載された。
新設高校・聖学園の生徒会選挙で副会長に選ばれた女子高校生・冴島翠。一方、会長には翠が憧れているリーゼントヘアーの男子・須藤晃が就任することに。翠は晃たちと生徒会活動を行いながら、3年間の高校生活を送ることになる。

1992年から1997年まで『なかよし』に掲載された。
月野うさぎは、少しドジで泣き虫なごく普通の中学2年生だった。ある日、うさぎは額に三日月の模様を持ち人間の言葉を話す不思議な黒猫ルナと出会ったことがきっかけで、愛と正義のセーラー服美少女戦士「セーラームーン」に変身し、街を襲う妖魔を倒していき、街の平和を守っていくこととなる。
単なる少女漫画・アニメの域を遥かに超えたブーム・社会現象となった。

1992年から2004年まで『マーガレット』に掲載された。
裕福な生徒の多い学園に入学した貧乏少女「つくし」の奮闘の物語で、大金持ちのイケメン男子グループ「F4」を含む正反対な人達が生み出す差別やいじめ、ギャグコメディも入った恋愛ストーリー。
第41回（平成7年度）小学館漫画賞受賞。

1992年から1996年まで『少女コミック』に掲載された。
中国の四神にまつわる伝承を主軸としたストーリー。とある図書館に安置されていた禁書「四神天地書」。そこは古代中国を舞台とした不思議な世界だった。主人公である夕城美朱と本郷唯が四神天地書に吸い込まれることから、物語は始まる。

1993年から1999年まで『週刊少年ジャンプ』に掲載された。
「鬼の手」を持つ小学校教師「ぬ〜べ〜」こと鵺野鳴介が児童を守る為に、妖怪や悪霊を退治する学園コメディー。友情、努力、勝利というジャンプ従来のコンセプトに加え、教育、ホラー、怪談、ラブコメディ、博学、お色気など様々な要素を採り入れ、バリエーションに富んだ展開と個性豊かなキャラクターが繰り広げるストーリー。

1994年から1999年まで『週刊少年ジャンプ』に連載している。
幕末に「人斬り抜刀斎」として恐れられ、明治維新後は「不殺（ころさず）」を誓って流浪人として人助けをしながら旅を続ける伝説の剣客・緋村剣心が様々な人物との出会いを重ね、新たな時代での生き方を模索していくストーリー。

1994年から2001年まで『ビッグコミックオリジナル』に連載された。
1986年、西ドイツ・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を拳銃で撃たれた少年が搬送される。天才脳外科医・テンマは、院長の命令を無視して、その少年を救う。院長命令の無視によって出世街道から外されるテンマであったが、突如院長らの殺人事件が発生。テンマは一夜にして外科部長まで昇進する。
第3回手塚治虫文化賞マンガ大賞を受賞。第46回小学館漫画賞青年一般部門を受賞。

1994年から現在まで『週刊少年サンデー』に連載さている。
謎の組織によって体を小さくされた高校生探偵が、数々の事件を解決していくさまを描いた推理漫画。周囲で次々に起こる事件を持ち前の推理力で解決しながら、元の身体を取り戻すために謎に包まれた黒の組織の陰謀を追っていくストーリー。
2001年第46回小学館漫画賞少年部門受賞。発行部数は1億4000万部。

1997年から現在まで『週刊少年ジャンプ』に連載さている。
海賊となった少年モンキー・D・ルフィを主人公とする、ひとつなぎの大秘宝（ワンピース）を巡る海洋冒険ロマン。“悪魔の実”を食べたことにより、全身がゴムのように伸びる不思議な体を手に入れた少年ルフィは、命の恩人・赤髪のシャンクスにもらった麦わら帽子をトレードマークに海賊王を目指して航海に出る。国内最高となる累計2億9000万部を記録。

1998年から現在まで『モーニング』に連載さている。
剣豪・宮本武蔵を主人公とし、戦国末期から江戸時代の転換期、剣の時代の終わりがけを舞台にその青春期を描く。巨大な歴史の転換点で、出世の夢が破れた武蔵が剣士として自己を確立しようともがく様、また巌流島で武蔵と決闘したことで有名な佐々木小次郎を筆頭とする、武蔵と関わる複数の武芸者が描かれている。
第4回文化庁メディア芸術祭マンガ部門大賞受賞。第24回講談社漫画賞一般部門受賞。第6回手塚治虫文化賞マンガ大賞受賞。

1998年から現在まで『週刊少年ジャンプ』に連載さている。
主人公の少年ゴン＝フリークスがまだ見ぬ父親ジンと会うため、架空の花形職業であるハンターとなり、父親を探しながら仲間達との絆を深める様を描いた冒険活劇。12歳のゴン＝フリークスは、幼いころに生き別れた父親ジンのような偉大なハンターになるため、ハンター試験を受ける旅に出た。ゴンは試験に合格しハンターとなることができるのか。そして父ジンと再会することができるのか。ゴンとその仲間たちの冒険がいま始まる。累計発行部数は6500万部を超える。

1999年から2006年まで『ビッグコミックスピリッツ』に連載された。
1970年前後少年たちは、地球滅亡をもくろむ悪の組織や、東京を破壊し尽くす巨大ロボットに蹂躙され混沌とし、滅亡に向かっていく未来の世界を空想した。そして、それらに立ち向かい地球を救うのは、勧善懲悪の正義のヒーローとその仲間たちだ。下らないようなストーリーを描いたスケッチブックを少年たちは“よげんの書”と名付ける。
第48回小学館漫画賞青年一般部門をはじめ数々の賞を受賞している。累計発行部数は2800万部。

1999年から2008年まで『月刊少年マガジン』に連載された。
平凡な毎日に不安を持っていた主人公の少年・田中幸雄は、南竜介との偶然の出会いによって、音楽の世界に入り込むことになる。南竜介・田中幸雄を中心に、バンド：BECKが結成され、失敗・挫折を繰り返しながらも、音楽への信念を原動力に一歩ずつ前進してゆく様を描く。
2002年に第26回講談社漫画賞少年部門受賞。累計発行部数は1200万部。

1999年から現在まで『週刊少年ジャンプ』に連載さている。
主人公と仲間の友情、裏切りと復讐、師弟の絆が中心として描かれ、諸国の忍とド派手な戦いを繰り広げていくバトルアクション作品。体内に九尾の妖狐を封印された落ちこぼれ忍者・うずまきナルトが、里一番の忍である火影を目指し、数々の試練を乗り越え成長していく物語。累計発行部数は1億3000万部。