2000年から2010年まで『スーパージャンプ』で連載された。
現代の医師が、幕末にタイムスリップしたらどうなるかを描いた、SF要素の強い医療漫画。西暦2000年の現代から幕末の日本にタイムスリップした脳外科医・南方仁が、過去の人間の運命を変えていることを自覚しつつも、人々を救う為現代から持ち込んだ知識と幕末の人々の協力により、近代医療を実現していく。その過程で南方仁は、日本の歴史自体にも、大きな関わりを持つようになっていく。
2011年5月に第15回手塚治虫文化賞マンガ大賞を受賞。

2000年から現在まで『Cookie』で連載されている。
東京に住む彼氏と同居するため上京する小松奈々、ミュージシャンとして成功するため上京する大崎ナナ、出身地は異なるが同い年の2人のNANAは新幹線の中で出会った。その後、ひょんなことから奈々とナナは同居することとなる。さらに、ナナの所属するBLACK STONESとナナの恋人の本城蓮が所属するTRAPNEST、2つのバンドのメンバーたちを交え物語は進んでいく。第48回小学館漫画賞受賞。

2000年から2006年まで『CUTiEcomic』『ヤングユー』『コーラス』で連載された。
美術大学を舞台に、いわゆる「青春群像劇」を、ハイテンションなエピソードや静かな感動シーンを通じてとらえていく。恋愛に不器用な大学生達の報われない恋模様や、自分の才能や生き方について迷う若者達の姿を描いている。
2003年、第27回講談社漫画賞少女部門を受賞。

2001年から2010年まで『Kiss』で連載された。
桃ヶ丘音楽大学ピアノ科に通う青年・千秋真一は、そのプライドの高さも災いして担任の江藤教授と口論してしまう。酒に酔った千秋だが、気がつくとそこにはゴミのなかでピアノを奏でる女性の姿が。彼女・野田恵は“のだめ”の通称で知られる大学の後輩だった。不潔な変わり者ののだめに頭を悩ませつつも、彼女のカンタービレ（歌うように演奏すること）に心を動かされる千秋。
2004年、第28回講談社漫画賞少女部門受賞。累計発行部数は3000万部。

2001年から2010年まで『月刊少年ガンガン』で連載された。
錬金術が発展した仮想の国・アメストリスの物語。病死してしまった母を生き返らせようと人間を造る『人体錬成』の禁忌を犯したエドワード・エルリック、アルフォンス・エルリックの兄弟は代償に兄のエドワードは左足を、弟のアルフォンスは体全てを『持っていかれ』てしまい、その後、兄のエドは己の右腕を代償に弟のアルの魂を錬成、鎧に定着させる。
累計発行部数は5700万部を記録。

2001年から現在まで『週刊少年ジャンプ』に連載されている。
ひょんな出来事から悪霊・虚（ホロウ）の退治者（死神）になってしまった高校生・黒崎一護とその仲間達の活躍を描く。主な舞台となるのは東京にある架空の町・空座町。初期の死神代行篇は、自身に死神の力を与えた死神の少女・朽木ルキアを相棒に、一護が虚絡みの騒動に巻き込まれていきながらも解決にあたるエブリデイ・マジック的要素もあったが、尸魂界篇以降はその要素は失せ、敵対勢力とのバトル中心のストーリーを展開する。

2001年から現在まで『別冊少女コミック』に連載された。
「7SEEDS」とは政府のあるプロジェクトの名前である。学者らが「近い将来、巨大天体が降り地球は様々な災害に見舞われ、恐竜が滅亡した時と同じような状態になるであろう」と予測した。各国首脳は若く健康な人間を選んで冷凍保存し、人が住める状態になったら解凍が行われて放出されるという壮大な計画を発表した。2007年、第52回小学館漫画賞少女向け部門受賞。

2001年から現在まで『月刊少年チャンピオン』に連載されている。
「圏外から来た男」月島花を中心とした不良高校生たちの抗争と日常生活を描く群像劇。主な舞台は花の通う鈴蘭高校、別名「カラスの学校」。花は、鈴蘭史上一人も果たしたことのない鈴蘭の番長になると宣言。一年戦争で優勝し、着々と番長への道を突き進んでいく。
累計発行部数は2800万部を記録。

2002年から2009年まで『別冊フレンド』に掲載された。
主人公の少女がいじめに立ち向かい、友情などに助けられながら、大きく成長していく様を描く。椎葉歩は、親友・篠塚夕子と同じ高校を受験し一人だけ受かって、友情の崩壊に大きなショックを受ける。内向的な性格になった歩は入学した西舘高校でも周囲と馴染めず、いじめにあってしまう。
2006年度 講談社漫画賞少女漫画部門受賞。

2003年から2006年まで『週刊少年ジャンプ』に掲載されてた。
名前を書いた人間を死なせることができるという死神のノート「デスノート」を使って犯罪者を抹殺し、理想の世界を作り上げようとする夜神月と、世界一の名探偵・Lによる頭脳戦を描く。夜神月は世界を救う救世主なのか、それとも独裁的な殺人者なのか。
累計発行部数は3000万部を突破。

2003年から現在まで『月刊アフタヌーン』に掲載されている。
公立高校の新設硬式野球部を舞台に、甲子園優勝を目指す主人公三橋廉たちの成長を描く。新入生ばかり10人の無名の野球部が甲子園を目指すという王道を受け継ぐ筋書きながら斬新な表現方法により全く新しいタイプの野球漫画になっている。
2006年、第10回手塚治虫文化賞「新生賞」受賞。

2004年から2009年まで『Kiss』に掲載された。
20代の人生を恋愛を半ば放棄してぐうたらに過ごす干物女と呼ばれている主人公の恋愛を描く。インテリア事業部に勤めるOL・雨宮蛍は、会社では有能な仕事ぶりを見せるまともなOLだが、恋愛には無関心で、家でゴロゴロとしているのが大好きな干物女だった。ロンドン研修に行っていた、新進気鋭のインテリアデザイナー・手嶋マコトが帰国、彼に次第に惹かれて5年ぶりに恋愛を始める事になる。

2004年から現在まで『週刊少年ジャンプ』に連載している。
幕末時代を模した文化背景を持つパラレル世界の地球。江戸のかぶき町で万事屋を営む銀髪天然パーマの坂田銀時とその周りのおかしな人々との間で起こるドタバタ劇を描いている。1～2話完結のエピソードはギャグ中心のものが多いが、長編はシリアス・バトル中心のものが多い。

2004年から2009年まで『週刊少年ジャンプ』に連載された。
「機械」「魂」「悲劇」を材料に造り出される悲しき悪性兵器「AKUMA（アクマ）」。AKUMAの製造者で世界終焉への計画を進める「千年伯爵」。そして、唯一AKUMAを破壊できる神の結晶「イノセンス」に選ばれた存在である、「エクソシスト」達。主人公アレンは世界とAKUMAに縛られた魂を救うべく、仲間と共に長く険しい戦いに身を投じていく。 累計発行部数は2000万部突破。

2005年から現在まで『別冊マーガレット』に連載している。
北幌高校に入学した黒沼爽子は、陰気で見た目が暗く、周りからは「貞子」と呼ばれ、クラスに馴染めないでいた。しかし、クラスメイトの風早翔太や吉田千鶴、矢野あやねなどの協力を得て、周囲の誤解を解き、友情・恋愛などを通して成長していく。
第32回講談社漫画賞少女部門受賞作。

2005年から2008年まで『少女コミック』に連載された。
幼い頃から心臓病で入院していた逞と、その主治医の娘の繭。ある日、繭は逞が「20歳まで生きられない」ことを知り、何とか逞の病気を治せないかと悩む。そんな繭の想いを知らない逞は、「大人になったら僕のお嫁さんになってください」と繭に告げる。
2007年、第53回小学館漫画賞少女向け部門受賞。