• 1998年7月【75分】東宝
• 監督：湯山邦彦
• プロデューサー：久保雅一、川口孝司
• 原案：田尻智
• 脚本：首藤剛志
• キャラクターデザイン：一石小百合
• 音楽：吉田隆、斎藤裕二、宮崎慎二、たなかひろかず
• 声：松本梨香、大谷育江、市村正親、山寺宏一、飯塚雅弓、上田祐司、林原めぐみ

【解説】
ポケモンマスターを目指し旅を続ける少年たちと、史上最強のポケットモンスターの戦いを描いた長編ジュブナイル・アニメーション。監督は湯山邦彦。脚本は首藤剛志。撮影を白井久男が担当している。声の出演に松本梨香、市村正親。同時上映「ピカチュウのなつやすみ」。後に全米公開用として追加ストーリーを加えた85分の完全版が発表されている。

【あらすじ】
幻のポケットモンスター、ミュウの化石から、人間の手によって作られたミュウツー。
コピーとして生まれた彼は、自らのアイデンティティーに苦悩し、やがて人間への復讐を企てるようになる。
そんなある日、ポケモンマスターを目指し、修行の旅を続けるサトシ少年の元に一通の招待状が届いた。
それはミュウツーの仕組んだ罠であったが、そうとは知らないサトシたちは大荒れの海を渡って会場へと向かう。