• 放送期間：1998年9月5日～1999年8月28日
• 放送日時：土曜日（18:00～18:30）
• 主題歌：ウルトラマンガイア（前田達也）
• 放送局：毎日放送
• 出演：吉岡毅志、高野八誠、渡辺裕之、宇梶剛士、中上雅巳　ほか多数

【解説】
平成ウルトラシリーズの3作目。観の繋がっていた前2作から設定を一新し、時代設定を放映年代とほぼ同じ20世紀末とし、科学考証や人間関係などのリアリティが重視された他、ライバル的存在のウルトラマンアグルが登場している。環境を破壊して野生生物を絶滅させ、地球自身を破滅に追いやるかもしれない現代の人類が描かれている。

【あらすじ】
科学が発展していく近未来、藤宮博也の光量子コンピューター「クリシス」が地球に破滅をもたらす「根源的破滅招来体」の襲来を予測した。それを機に世界中の若き天才科学者が集められた科学者集団「アルケミー・スターズ」が結成された。
そしてアルケミー・スターズと国連の協力により、破滅招来体から地球を守るための組織「G.U.A.R.D.（ガード）」及び「XIG（シグ）」が設立されることとなった。
一方、アルケミー・スターズの一人であり、城南大学の学生でもある「高山我夢」は、大学の粒子加速実験の最中、粒子とシンクロした意識の中で地球の意思＝（ウルトラマンガイア）と出会う。
そしてコッヴが姿を現した時、地球を守りたいと叫ぶ我夢は時空間でウルトラマンガイアと一体化する。 コッヴ撃破後、彼は地球を守るためにXIGに入隊し、仲間やライバルと共に根源的破滅招来体と戦うこととなる。