• 2013年7月13日【72分】東宝
• ジャンル：アドベンチャー/ファンタジー
• 監督：湯山邦彦
• 主題歌：いきものがかり「笑顔」
• 出演：松本梨香、大谷育江、宮野真守、悠木碧、林原めぐみ　他多数

【解説】
　「劇場版ポケットモンスター ベストウイッシュ」シリーズ第三弾にして最終作。現代によみがえった三億年前のポケモンと伝説のポケモンとが激しいバトルを繰り広げる。

【あらすじ】
プラズマ団の手によりよみがえった三億年前のポケモン、ゲノセクト。五体のゲノセクトは故郷を目指し大都会ニュートークシティを訪れ、そこでサトシたちに攻撃を仕掛けてくる。その窮地を救ったのは伝説のポケモン、ミュウツーだった。ゲノセクトの悲しみを受け止めながらも、ミュウツーは彼らと激しい戦いを繰り広げる。戦いの中で覚醒するミュウツーの真の力とは。そしてサトシとピカチュウは街の危機を救い、ゲノセクトを無事に送りかえすことができるのか。